1994-1995 m. trys Vytauto Didžiojo universiteto profesinių studijų centro socialinio darbo magistrantai, Žaneta Šimkienė, Ričardas Kukauskas ir Dalia Kabašinskaitė, drauge su Lietuvos Caritu, kuriam vadovavo sesuo A. Pajarskaitė, pradėjo kurti naują Lietuvoje projektą, kurio idėja buvo apjungti vaiką, šeimą ir organizuotą socialinę rūpybą. Projektas buvo kuriamas kaip alternatyva mūsų šalyje galiojančiai vaikų institucinės globos sistemai. 

Konsultuojami VDU socialinės rūpybos profesinių studijų centro dėstytojų - socialinio darbo specialistų iš JAV bei Anglijos Kento grafystės socialinio darbo tarybos specialistų, projekto iniciatoriai numatė sukurti naują tarnybą, kurioje dirbtų specialistai ir kuri savo darbu paskatintų vaiko gerovės socialinėje politikoje ir filosofijoje naują suvokimą, kad vaikas turi augti šeimoje.

Jeigu tikroji šeima negali tinkamai pasirūpinti vaiku, jam turi būti surasta globėjų šeima. Caritas kreipėsi į Kauno savivaldybę ir čia rado pritarimą. Ypač palaikė tokio centro įkūrimą vicemerė V. Margevičienė bei Vaiko teisių apsaugos tarnybos vedėja B. Valmienė. Buvo parengtas projektas ir pirmosios paramos lėšos, padedant Caritui, buvo gautos iš Nyderlandų jungtinio fondo.

Miesto savivaldybė ryžosi paremti šią idėją ir 1995 gruodžio mėnesį Kauno miesto taryba įsteigė Vaikų gerovės centrą “Pastogė”, o 1996 metų pradžioje, miesto savivaldybė pasirašė bendradarbiavimo sutartį su Lietuvos Caritu. Netrukus, pagal tarptautinį projektą, 1996 – 1997 m. į „Pastogę“ atvyko ir metus laiko darbavosi savanoris iš Didžiosios Britanijos James Cox. Jo pagalba buvo ypač vertinga personalo mokymo, metodikos rengimo įstaigos strategijos formavimo srityse.

„Pastogės“ teikiamų paslaugų aktualumą patvirtino įstaigos veiklos plėtra. Per pirmus 8 įstaigos gyvavimo metus darbuotojų skaičius išaugo nuo 4 iki 30. Per šį laikotarpį buvo intensyviai ieškoma papildoma parama, rengiami projektai ir programos siekiant plėsti paslaugas bei gerinti įstaigos materialinę bazę.

Iš įvairių šaltinių gauta parama jau viršija 1 milijoną litų. 2003 m. pradėta pastato rekonstrukcija įrengiant trečią aukštą, kad būtų galima padidinti vietų skaičių vaikams, pagerinti gyvenimo sąlygas. Įrengus patalpas taip pat numatoma plėsti socialines paslaugas ir gerinti jų kokybę.